产权不明的房屋，政府部门基于公共利益的需要有权进行征收，但也要严格按照征收补偿方案进行安置补偿。征收人在征收产权不明确的房屋时，既要保证征收工作的进度，又要兼顾实际产权人的合法利益。对于补偿对象不明确，征收部门也必须在房屋产权纠纷解决之后，及时对确定的产权人进行安置补偿。
通常情况下对产权不明房屋补偿安置应当按照下列程序进行，以确保补偿安置方案的公平、合理。

1、报请程序。房屋征收部门或者其委托的房屋征收实施单位是房屋征收具体工作的实施者，其应当对房屋征收范围内的房屋的权属组织调查登记，在调查登记后发现特定房屋属于所有权不明状态的，应当将上述情况报告做出房屋征收决定的市、县级人民政府，房屋管理部门作出征收补偿安置方案。
2、做出补偿决定。做出房屋征收决定的市、县级人民政府收到上述报请后，应当根据其已经做出的补偿方案，并根据专业房地产价格评估机构做出的房地产评估结果，制定出对征收产权不明的补偿决定，补偿决定应当体现公平原则。
3、公告程序。市、县级人民政府应当将对于产权不明房屋的补偿决定在房屋征收范围内予以公告，公告的目的在于将房屋征收的情况告知房屋权利人，房屋权利人对补偿决定不服的，可以通过行政复议和行政诉讼的方式来进行维权。